小柯残破的核心晶体在废墟中闪烁，他拼尽全力将最后一段数据传输给美羽：“美羽姐！初代园艺师手稿显示，混沌终焉体的真正弱点在……” 信号突然中断，一道黑色能量波扫过，将他的核心晶体彻底粉碎。美羽的混沌铠甲出现裂痕，她能感受到体内的混沌初始基因正在被终焉体反向吞噬。
阿烈的火焰巨人轰然倒塌，化作一枚燃烧的龙蛋坠向宇宙。阿尔法自爆后的残骸突然重组，机械零件组成一把能斩断空间的巨刃，插入终焉体的脚踝。终焉体吃痛之下，原本包裹缺口密钥的触手松动片刻。美羽抓住机会，混沌羽翼凝聚成尖锐的光锥，强行刺入终焉体胸口。
缺口密钥与美羽的共生之痕产生剧烈共鸣，爆发出的能量将终焉体的混沌核心震出一道裂痕。可就在胜利在望时，完美仲裁者们突然舍弃攻击美羽，十二人化作银色流光，同时刺入终焉体的混沌核心。“既然无法摧毁你，那就让你与我们一同 ——” 他们的声音带着决绝，“永眠于混沌深渊！”
终焉体发出震天动地的咆哮，混沌核心开始急速坍缩，形成一个能吞噬一切的黑洞。美羽的混沌铠甲在黑洞的引力下片片剥落，缺口密钥也开始脱离终焉体的束缚。可就在她伸手去抓密钥的瞬间，黑洞的引力突然暴涨，一道暗紫色漩涡将她卷入其中。在意识陷入黑暗前，她看到阿烈的龙蛋、阿尔法的残骸，以及小柯最后的数据碎片，都被黑洞吞噬……
当美羽再次睁开双眼，发现自己置身于一个由无数基因链组成的空间。四周漂浮着初代园艺师们的记忆碎片，她伸手触碰其中一片，竟看到父亲陈凡被囚禁在一个神秘空间的画面。而在空间的尽头，混沌终焉体的身影若隐若现，它胸口的缺口密钥闪烁着诡异光芒，并且，它的身体正在以肉眼可见的速度，与美羽的基因产生更深层次的融合……